⑴水源地保护和污染控制 
    ①水源地污染现状调查与评价；
    ②中小城镇集中供水水源地水质安全评估方法；
    ③水源地突发性污染事故应急预案措施；
    ④南水北调东线工程南四湖水质污染与防治措施；

    ⑤受污染黄河水源处理工艺及杀藻技术；

    ⑥藻类控制。
⑵污水处理回用及污泥减量化 
    ①生活污水与工业废水处理新技术工艺开发；
    ②污水深度处理回用技术及新型生物活性滤料的研发；
    ③生物酶强化污泥脱水性能机理与污泥减量化技术研究。
⑶环境微生物及生物工程 
    ①优势菌高效培养及鉴定方法；
    ②微生物固定技术及在水处理工程中的应用；
    ③南四湖湿地土壤微生物种群分布特性及与植物共生关系；
    ④优势菌强化人工湿地污染物去除工艺及机理；
    ⑤能源藻类。